基因组排列

许多领域的科学研究有时比工业应用更需要计算能力。为了展示FPGA的强大功能,Aldec和印度科学研究所的教职员工企业ReneLife在Aldec的hs - hpc FPGA加速器上实现了ReneGENE的算法,用于精确的基因组比对。

ReneGENE作为AccuRA在HES-HPC上提供,用于准确、超快速的大数据映射和校准来自下一代测序(NGS)平台的DNA短读,完全覆盖基因组(百万到十亿个碱基长),包括重复区域。这项没有启发式的技术能够以单核苷酸分辨率精确地将DNA读数与参考基因组对齐。随着基因组学渗透到整个生物学领域,包括生物医学和治疗学,ReneGENE创建了一条基因组高速公路,大大缩短了从样本到信息的时间,同时又不影响准确性,这对于挽救生命的医疗保险应用、生物技术产品开发和取证至关重要。

高性能计算示例

基因组比对,高性能计算的例子

  • Aldec hs - hpc比GMAccS(单GPU OpenCL)快约10倍
  • Aldec hess - hpc比开源单GPU CUDA CUSHAW快26倍
  • 与BFAST等标准启发式校准器相比,GMAccS的速度提高了150倍以上,因此AccuRA比竞争对手快了几个订单
  • hpc为更多的硬件内核提供了更多可用的FPGA资源,可以在一个FPGA中放置最多6个内核

主要特点

  • 硬件中的全流、多线程、并行动态编程消除了内存瓶颈和存储问题
  • 显著降低主机的计算和I/O负担
  • 在最短的确定时间内实现短读映射
  • 高度精确的SRM解决方案
  • 市场上最快的基因组校准器
  • 可扩展的多个设计粒度级别,大规模并行解决方案
  • 可扩展的数据大小,从基因组大小的数百万到数十亿
  • ReneGENE AccuRA最具性价比的解决方案。与传统集群相比,客户在renife - aldec解决方案上花费的费用不到其每月支出的1%,而且由于加速了性能,还节省了时间。
  • ReneGENE的比对结果以标准格式提供,称为.SAM或其等效二进制名为.BAM,可由全球任何实验室的下游分析工具进行处理。
  • 终端用户包括
    • 总会在oem厂商
    • 大型研究小组
    • 医学研究小组和医院
    • 小型研究小组和诊断实验室
      取证
    • 个人喜欢医生

解决方案内容

  • ReneGENE软件应用
  • AccuRA系统在hpc上运行

合作伙伴

高性能计算示例

ReneLife

ReneLife是一家技术初创企业,作为印度科学研究所(Indian Institute of Science)在生命科学领域的一个教员企业成立。ReneLife致力于提供尖端的软硬件协同设计加速解决方案。通过开发一项专有的核心技术ReneGENE,它已经迈出了第一步,该技术通过大规模并行和可扩展的实现,加速了来自下一代测序(NGS)平台的短读数的精确对齐。该公司的目标是为市场带来新的负担得起的和商品规模的产品和解决方案,以扩展精准和靶向药物的前沿。

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